苹果储存期间的真菌病主要有四种：轮纹病、炭疽病、红腐病和青霉病。其中，轮纹病、炭疽病和红腐病不仅是储存期的重要病害，也是生长期的重要果实病害。
苹果储存过程中的生理病害（障碍物）主要包括痤疮、水心病、虎皮病、果肉褐变和低温损伤。不同苹果品种的生理病害现在列在表中3.